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Les microbiotes . Introduction

Microbiote

Une nouvelle philosophie ?

Les découvertes scientifiques récentes conduisent à penser que nous entretenons avec le monde des micro-organismes (bactérie virus levure etc) des relations d’interdépendance symbiotique au moyen d’un réseau dense d’interactions complexes.

Historique.

La découverte déjà ancienne de l’ubiquité du monde microscopique (XVII° siècle) le plaçait d’emblé dans un contexte de séparation des univers en fonction de leur taille. Ces univers qui ne pouvaient être que des sources de conflits quand Pasteur découvrit les agents microscopiques pathogènes (XIX° siècle).Gulliver (Jonathan Swift) L’idée d’une concurrence entre différents micro-organismes est beaucoup plus récente (Fleming).

Aujourd’hui.

Nous pensons que les micro-organismes du fait de multiples interactions participent largement à la survie des espèces.

Les expériences peu invasives sur des modèles animaux révèlent les effets des microorganisme sur les différents fonctions de l’organisme : locomoteur, immunitaire, hématologique neurologique. Il reste dans beaucoup de ces secteurs à éclairer les relations de causalité et les niveaux d’implication entre les micro-organismes et leur hôte.

Génétique et bactéries.

Avec le microbiote nous entrons dans le monde de la génétique par l’étude du micro-biome. Cette notion rend compte des différences entre des bactéries de même espèce vivant dans des milieux différents.

Donc, l’élaboration d’une protéine ou d’un métabolite quelconque n’est pas la spécificité d’une famille précise de bactéries mais plutôt d’une séquence génétique spécifique, laquelle pouvant être présente dans des familles bactériennes différentes.

La notion récente de mutation génétique tient à la grande variabilité au cours de la vie des séquences génétiques des micro-organismes que nous hébergeons : notre micro-biome évolue le temps d’une vie.

Interface entre micro-organismes et grandes fonctions.

L’organisation du micro-biome : Les familles microbiennes agissent par leur génome de façon spécifique sur nos différentes fonctions.

Certains microbes vont agir grâce a leur gènes sur le système immunitaire, d’autre sur les fonctions neurologiques comme la thymie (l’humeur).L’anxiété qui émerge parfois de façon inopinée peut traduire un conflit bactérien digestif.

L’atrabilaire de Molière n’est pas très éloigné de cette idée. Cette notion de génome éloigne les familles bactériennes de la notion de spécificité d’action et de durabilité car l’hôte et son environnement, de façon réciproque, réagissent et sélectionnent les espèces bactériennes.

Néo-darwinisme. 

L’évolution des espèces passerait donc à travers « l’origine des symbioses » : la « sélection naturelle » comme résultat d’interactions au sein d’ensembles microbiens multi spécifiques. « L’origine des espèces » devient « l’origine des symbioses » !

On entre alors de plein pied dans la notion de « génétique des communautés » car les échanges de gènes se font entre différentes bactéries mais aussi entre bactéries et cellules humaines .L’étanchéité entre le milieu intérieur du corps humain et un monde bactérien néfaste laisse la place à un « marché commun génétique ! »

Vers une théorie unificatrice de notre univers ?

Au delà encore de cette réflexion sur les circuits locaux, les scientifiques pensent aujourd’hui que des « unités de sélection » : des cycles biogéochimiques comme le cycle de l’azote qui embrasse tous les secteurs de la vie terrestre (puisqu’il permet de renouveler l’azote de façon « durable ! ») serait le résultat d’interactions sélectives entre microbiote et micro-biome, assurant ainsi la stabilité de la vie terrestre (mise à mal aujourd’hui).

Ce réseau d’interactions vitales pour l’espèce humaine résistera t-il au contraintes délétères que l’humanité lui impose ? L’épidémie de COVID 19 doit nous amener à revoir notre attitude au regard du monde microbien.

Discussion.

Des questions d’importance sont en cours d’étude :

Pourra t-on cibler des biomarqueurs à des fins diagnostics en identifiant des souches bactériennes spécifiques ? Pourra t-on utiliser le monde microbien pour élaborer des probiotiques destinés à rétablir un équilibre dans le microbiote intestinal ?


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